Новая мощная программная платформа может изменить биомедицинские исследования, сделав анализ данных более доступным
Новая мощная программная платформа под названием Playbook Workflow Builder призвана трансформировать биомедицинские исследования, позволяя ученым проводить сложный и индивидуальный анализ данных без дополнительных навыков программирования.
Статья под названием «Playbook Workflow Builder: интерактивное построение биоинформатических рабочих процессов», описывающая новую платформу, была опубликована в журнале PLOS Computational Biology .
Разработанная многопрофильной группой исследователей под руководством Школы медицины Айкана при Маунт-Синай в рамках программы Экосистемы данных общего фонда (CFDE) Национальных институтов здравоохранения, исследователи со всех уголков США создали веб-платформу, которая позволяет ученым независимо анализировать и визуализировать собственные данные с помощью интуитивно понятного интерактивного интерфейса.
Традиционно экспериментальные биологи в значительной степени полагаются на биоинформатиков для обработки и анализа больших наборов данных, которые они собирают. Новая программная платформа меняет эту парадигму, предлагая модульную, удобную для пользователя систему, в которой ученые могут разрабатывать индивидуальные рабочие процессы с использованием готовых аналитических компонентов — подобно сборке «деталей LEGO», говорят исследователи.
«Этот подход может кардинально переосмыслить анализ данных в биомедицинских исследованиях и не только. Позволяя исследователям проводить сложный анализ без необходимости в продвинутых навыках программирования, он устраняет главный барьер для открытий на основе данных», — говорит первый автор Дэниел Дж. Б. Кларк, магистр наук, специалист по данным в лаборатории старшего автора-корреспондента Ави Мааяна, доктора философии, профессора фармакологических наук и директора Центра биоинформатики Маунт-Синай при Медицинской школе Икан в Маунт-Синай.
«Благодаря большей доступности и эффективности ученые из разных дисциплин могут легче исследовать сложные наборы данных, быстрее находить новые идеи и в конечном итоге ускорять темпы научных публикаций и открытий».
Пользователи Playbook Workflow Builder взаимодействуют с интуитивно понятным пользовательским интерфейсом, нажимая на карточки для построения своих рабочих процессов анализа данных. В качестве альтернативы пользователи могут взаимодействовать с большим чат-ботом на основе языковой модели для проектирования и построения своих конвейеров анализа данных .
По мере загрузки данных и ввода инструкций система автоматически генерирует подробную документацию, включая интерактивные рисунки, понятные подписи к рисункам и пошаговые автоматически генерируемые описания методов.
Это гарантирует, что весь рабочий процесс хорошо организован и прост для отслеживания. Кроме того, исследователи могут экспортировать свои рабочие процессы в различных форматах, что упрощает обмен работой с коллегами, что также повышает воспроизводимость в различных исследованиях.
В настоящее время команда активно работает над расширением возможностей платформы путем добавления большего количества аналитических компонентов, улучшения пользовательского опыта и содействия расширению сообщества пользователей и участников.
«Мы рассматриваем это как только начало. Сокращая зависимость от специалистов по биоинформатике, эта платформа может значительно ускорить темпы исследований, позволяя экспериментальным биологам проводить сложные анализы независимо», — говорит доктор Мааян.
«Поскольку все больше ученых будут использовать этот инструмент, мы ожидаем, что он оптимизирует рабочие процессы, ускорит обмен результатами и вдохновит на создание новых систем на основе ИИ, которые еще больше улучшат научное обоснование и интерпретацию данных. В ближайшие годы это может стать важным ресурсом для биомедицинских исследований, открывая новые идеи и стимулируя инновации в этой области».