Отчет о случае неправильно классифицированного варианта гена кардиомиопатии подчеркивает необходимость большего разнообразия в геномике
Новое исследование показало, что вариант гена, распространенный в сообществах Океании, был ошибочно классифицирован как потенциальная причина заболеваний сердца, что подчеркивает риск существующего разрыва в разнообразии в геномных исследованиях, который может представлять большую опасность для неправильной диагностики людей неевропейского происхождения.
Под руководством Института медицинских исследований Гарвана и в опубликованном в журнале European Heart Journal исследовании исследователи описывают случаи двух человек с тихоокеанских островов, являющихся носителями генетического варианта, который ранее считался вероятной причиной их наследственной кардиомиопатии. Группа обнаружила, что эта вариация распространена среди здоровых людей из регионов Океании.
«Без более широкого охвата людей разного происхождения преимущества геномики по-прежнему будут оставлять позади людей неевропейского происхождения, что увековечит существующие пробелы в здравоохранении», — говорит старший автор, доцент Джоди Инглз, руководитель лаборатории клинической геномики и директор программы геномики и наследственных заболеваний в Гарване.
«Наше исследование подтверждает опасность отсутствия генетического разнообразия в геномных референтных группах и указывает на нашу острую необходимость инвестировать время и ресурсы, чтобы гарантировать, что ни одно сообщество не останется позади».
Редкий вариант гена оказался распространённым
Между ДНК любых двух людей существуют миллионы буквенных различий или генетических вариантов. Эти варианты определяют нашу внешность, то, как функционирует наше тело, но они также могут влиять на риск заболеваний, включая некоторые из наиболее распространенных — болезни сердца , диабет и некоторые виды рака.
Хотя научные достижения в области геномики оказали преобразующее влияние на наши возможности диагностировать и лечить заболевания, большинство генетических исследований были сосредоточены на людях европейского происхождения.
В текущем отчете группа доцента Инглза в Институте Гарвана исследовала генетический вариант, который они обнаружили у двух людей с кардиомиопатиями, которые прошли основанное на исследованиях секвенирование всего генома в клинике Сиднея. Кардиомиопатии — это потенциально фатальные наследственные заболевания сердца, которые затрудняют сердцу перекачивание крови по телу и поражают до одного из 500 человек.
Исследователи обнаружили, что вариант гена сердечного тропонина Т, который играет роль в регуляции сокращений сердечной мышцы, встречается крайне редко в крупных международных базах данных геномов популяций.
«Это означало, что среди внешне здоровых людей этот вариант встречается нечасто. Это может указывать на то, что он является причиной наследственного заболевания, и, действительно, многочисленные клинические испытательные лаборатории уже отметили его как потенциальный причинный вариант», — объясняет доктор Александра Баттерс, первый автор исследования.
«Мы заподозрили, что этот вариант является причиной кардиомиопатии у пациентов, и когда мы провели более глубокое исследование с коллегами, у которых было больше геномных данных о внешне здоровых людях из различных регионов Океании (включая Австралазию, Меланезию, Микронезию и Полинезию), мы обнаружили, что этот вариант действительно распространен — 3–4% населения».
«Это слишком распространено, чтобы быть причиной наследственной кардиомиопатии, и указывает на то, что это доброкачественный генетический вариант. С тех пор мы обновили эту информацию в общедоступных базах данных, чтобы семьи не получали неверную генетическую информацию», — говорит доктор Баттерс.
При дальнейшем изучении этого варианта ученые обнаружили, что он также присутствует в ДНК неандертальцев, что говорит о том, как долго этот вариант существовал в популяции, и подтверждает, что он вряд ли может вызывать заболевания.
Разрыв в капитале геномики
«Этот вариант был отнесен к редким и потенциально патогенным, поскольку наборы данных, которые мы используем для понимания распространенных и редких генетических вариаций у здоровых людей, содержат преимущественно данные о людях европейского происхождения», — добавляет доктор Баттерс.
«Это означает, что мы не обязательно знаем, что распространено и что редко встречается в исторически недопредставленных группах предков, например, в наших регионах. Опасность рассмотрения этого как причины заболевания заключается в том, что мы можем затем неправильно использовать это, чтобы сообщать членам семьи о том, подвержены ли они риску развития заболевания или нет. Это может нанести вред».
Доцент Инглес говорит: «Реальность сегодняшней клиники такова, что если я вижу семью неевропейского происхождения, мы с меньшей вероятностью сможем поставить генетический диагноз после генетического тестирования, потому что мы не очень хорошо понимаем, что именно является действительно редким генетическим изменением в этих популяциях, которые исторически никогда не включались в геномные исследования. Это означает, что эти семьи упускают преимущества генетической диагностики, но также существует вероятность неправильной классификации и потенциального вреда».
«Наше исследование подчеркивает острую необходимость в крупных, разнообразных и общедоступных геномных референтных базах данных, которые позволят нам точно интерпретировать варианты и максимально повысить ценность генетического тестирования».
Фокус на недостаточно представленных группах
Исследовательская программа OurDNA , направленная на устранение существующих пробелов в генетических исследованиях в Гарване, возглавляется Центром популяционной геномики и является совместной инициативой Гарвана и Детского научно-исследовательского института Мердока в Мельбурне.
Группа регистрирует людей, чьи предки недостаточно представлены в существующих базах данных по геномике, чтобы создать первый австралийский крупномасштабный геномный ресурс для устранения критического пробела в представлении результатов генетических исследований для многокультурного населения Австралии.
«Австралия является домом для одного из самых разнообразных популяций в мире, но представительство многих австралийских сообществ в глобальных генетических исследованиях было низким», — говорит профессор Дэниел Макартур, директор Центра популяционной геномики. «Наша ДНК имеет потенциал для преобразования того, как мы диагностируем и лечим редкие заболевания для всех».
Команда OurDNA набирает представителей филиппинских и вьетнамских общин и вскоре начнет набор представителей суданских и ливанских общин, а также общин Океании, Самоа, Фиджи и Тонга.